Das Management des „versunkenen Lands von Saeftinghe“ zielt insbesondere auf die Erhaltung und Entwicklung seiner Naturwerte ab. Darüber hinaus wird viel getan, um nachhaltige, naturnahe Erholung möglich zu machen. In der Praxis besteht das vor allem in der naturschutzfachlichen Optimierung der Beweidung und der Aufrechterhaltung einer guten Zonierung, um Freizeitaktivitäten von Bereichen zu trennen, in denen sich die Natur ungestört entfalten soll. Darüber werden gelegentlich Maßnahmen ergriffen, um die Brutgebiete von Küstenvögeln wie Seeschwalben, Löfflern und Seeregenpfeifern zu optimieren.

Der niederländische Teil des Gebietes (3.554 ha) wird von der provinziellen Stiftung „Het Zeeuwse Landschap“ betreut, der belgische Teil von zwei Organisationen: der Bereich „Paardenschor“ (14 ha) von „Agentschap voor Natuur en Bos“ und der Bereich „Schorren van Oude Doel“ (51 ha) von „Natuurpunt“.