La terre noyée de Saeftinghe se trouve dans un estuaire, là où le sol demeure en dessous du niveau moyen de la mer. C’est dans l’estuaire que l’eau douce de l’Escaut rencontre l’eau salée de la mer du Nord. Deux fois par jour, la marée engendre le flux (eaux montantes) et le jusant (eaux descendantes). Ceci engendre des processus physico-chimiques entre l’eau et le sédiment comme, par exemple, le dépôt et l’enfouissement de nutriments accumulés et potentiellement toxique pour les eaux côtières. Dû à la nature très peu élevée de la région, la marée se propage très loin en amont ; par sa superficie, la contribution de Saeftinghe au fonctionnement écologique de l’estuaire est probablement très importante.

La marée

L’Escaut est soumis à la marée de la mer du Nord : deux fois par jour, la marée engendre le flux (eaux montantes) et le jusant (eaux descendantes). Un estuaire présente une forme d’entonnoir, large à l’embouchure, et qui se rétrécie vers l’amont. Cette morphologie détermine des aspects cruciaux dans le fonctionnement physico-chimique et biologique du système ; on parle de « convergence estuarienne » là où les eaux fluviales rencontrent les eaux marines. Ce lieu est déterminé par l’amplitude de marée et la topographie de la région. Dans l’Escaut, cette zone se situe dans le secteur d’Anvers, à 30 km en amont de Saeftinghe. Aux Pays-Bas, c’est à Saeftinghe que l’on trouve la plus grande amplitude de marée (4.80 m en moyenne), bien que l’amplitude s’accroît vers l’amont en Belgique où elle atteint plus de 5.20 m dans la zone d’eau douce.

Lors des marées vives, l’amplitude est accrue : les basses eaux sont plus basses, et les hautes eaux sont plus hautes. Ainsi, à Saeftinghe, l’amplitude peu atteindre 7 m. Le jusant et le flux se « déplacent » au long de l’estuaire et les niveaux d’eau ne sont jamais les mêmes partout : la marée est une vague qui se propage dans le système estuarien. Par exemple, la marée haute apparaît à Anvers environ 2 heures plus tard qu’à Vlissingen (embouchure de l’Escaut), et la marée basse 2.5 heures plus tard. Même au sein de Saeftinghe, de petites différences sont perceptibles.

Niveau d’eau et météorologie

Le niveau d’eau à Saeftinghe est déterminé à la fois par la marée et les conditions atmosphériques. C’est notamment les forts vents de Nord-Ouest, suivant l’orientation morphologique de l’estuaire, qui poussent un volume d’eau additionnel dans l’estuaire. Ceci peut conduire à une augmentation d’eau d’un mètre. En outre, la période de la marée n’est pas affectée et reste de 12.2 heures, mais la vitesse de variation du niveau d’eau est accrue. Lors d’une marée vive, l'eau parvient au bord de la digue, et Saeftinghe devient alors une immense étendue d’eau. Lors du jusant, si les vents continuent de souffler, un certain volume d’eau n’est pas évacué et certaines zones restent inaccessibles.

Flux rapide

Dans Saeftinghe, la vitesse du flux est surprenante. Cela vient du fait que l’eau rencontre de hauts bancs de sable lors de son arrivée à l’entrée des grands chenaux dans lesquels elle se propage à grande vitesse après avoir passer les seuils. C’est surtout dans les grands chenaux que les vitesses sont les plus remarquables, comme ceux du Hondegat et de l’IJskelder qui se remplissent en seulement 1.5 – 2 heures. A ce moment, les eaux de jusant issues de la marée précédente finissent de s’écouler et rencontrent les eaux de flux nouvellement arrivées. L’onde de flux est si rapide que le niveau d’eau s’accroît de plusieurs dizaines de centimètres en peu de temps ; dans les secteurs amont, là où les chenaux sont les plus étroits, le niveau d’eau s’accroît de plus d'un mètre en une demi-heure. Dans de telles conditions, on peu rapidement se faire isoler par les eaux.  C’est pourquoi une excursion à Saeftinghe doit toujours être prudemment préparée en fonction des heures de marée.

Salinité de l’eau

Dans un estuaire, l’eau est saumâtre, résultat de la rencontre des eaux douces s’écoulant de l’amont et des eaux marines salées remontant par le flux.  La salinité (concentration de sel) varie spatialement en augmentant vers l’embouchure. Elle varie également dans le temps à une même location : elle augmente lors du flux et décroît lors du jusant ; ainsi, à Saeftinghe, la salinité varie approximativement d’Ouest en Est et de 10 à 20 mg / L durant une marée. La salinité dans le sédiment dépend de l’élévation et du type de sédiment. En général, la salinité du sédiment diminue quand l’élévation augmente. Sur certains schorres, des dépressions argileuses retiennent l’eau de pluie si bien que la salinité y est affaiblie. Certaines zones sableuses résident sur une couche argileuse et imperméable sous-jacente qui retient l’eau de pluie. Ainsi, à marée basse, les eaux accumulées jaillissent en surface et créent des remous dans le sable. Ces structures sont très remarquables et peuvent atteindre un diamètre de 30 cm.