La gestion de la terre noyée de Saeftinghe vise à mettre en valeur l’aspect patrimonial des habitats estuariens. De plus, un effort important a été fait pour développer les activités pédagogiques et récréatives de façon durable. En pratiques, la gestion consiste à optimiser le pâturage,  veiller à la tranquillité du site et bien délimiter zones d’activités récréatives. D’autres mesures sont maintenant mises en place afin d’accroître la qualité de la reproduction d’oiseaux comme la sterne pierregarin (Sterna hirundo), la spatule blanche (Platalea leucorodia) et le pluvier à collier interrompu (Charadrius alexandrinus).

La partie néerlandaise (3554 ha) est gérée par l’association Zeeuwse Landschap. La gestion de la partie flamande est assurée par Nature et forêts ('Natuur en bos', partie 'Paardenschor', 14 ha) et Point nature ('Natuurpunt', partie 'Schorren van Oude Doel', 51 ha).