Het beheer van het Verdronken Land van Saeftinghe is met name gericht op het behouden en ontwikkelen van natuurwaarden. Daarnaast wordt er veel gedaan om duurzame, natuurgerichte recreatie mogelijk te maken. Praktisch gezien betekent dat vooral het optimaliseren van het begrazingsbeheer, bewaken van rust en het behouden van een goede zonering van de recreatieve activiteiten. Daarnaast worden er zo nu en dan maatregelen genomen om het broedbiotoop voor kustbroedvogels als visdief, lepelaar en strandplevier te optimaliseren.

Het Nederlandse deel van het natuurgebied (3554 ha) wordt beheerd door Stichting Het Zeeuwse Landschap. Het Vlaamse deel heeft twee beheerders namelijk het Agentschap voor Natuur en Bos (deelgebied Paardenschor, 14 ha) en Natuurpunt (deelgebied Schorren van Oude Doel, 51 ha).